تلعب البكتيريا والفطريات دورًا محوريًا في تنظيف البيئة من الملوثات المختلفة، مثل النفط والمعادن الثقيلة والمخلفات الكيميائية. تعرف هذه العملية باسم المعالجة الحيوية، وتعتمد على قدرة هذه الكائنات على تحويل المواد الضارة إلى مركبات أقل سمية أو قابلة للتحلل الطبيعي. تستخدم المعالجة الحيوية لإعادة تأهيل التربة والمياه الملوثة بطريقة طبيعية وآمنة، حيث تمثل بديلاً صديقًا للبيئة للطرق الكيميائية التقليدية. كما يمكن تطوير مزيج من الكائنات الدقيقة لتعزيز فعالية المعالجة، اعتمادًا على نوعية الملوثات والظروف البيئية. تساهم هذه التطبيقات في الحفاظ على البيئة وتحسين جودة الموارد الطبيعية، بالإضافة إلى دعم الاستدامة، وتقليل المخاطر الصحية الناتجة عن التلوث، وهو ما يجعل التكنولوجيا الحيوية البيئية جزءًا أساسيًا من استراتيجيات حماية البيئة الحديثة.