ترتبط هندسة البرمجيات ارتباطًا وثيقًا بالأمن السيبراني، إذ إن تصميم النظام من الأساس يؤثر بشكل مباشر على مستوى أمانه. فالأنظمة التي تُبنى دون مراعاة الجوانب الأمنية تكون أكثر عرضة للاختراق. يسهم تطبيق مبادئ هندسة البرمجيات الآمنة في تقليل الثغرات، من خلال التخطيط المسبق، والتحليل الدقيق للمتطلبات، واختبار الأنظمة بشكل مستمر. كما يساعد التصميم الجيد على احتواء الأضرار في حال حدوث اختراق. ويمثل الدمج بين هندسة البرمجيات والأمن السيبراني توجهًا حديثًا يسهم في تطوير أنظمة قوية ومستقرة.