يمكن أن تسبب الجسيمات النانوية (NPs) ضررًا كبيرًا للهياكل الفطرية مثل الخيوط الفطرية والجراثيم. عند التعرض لجسيمات نانوية من أكسيد الذهب أو أكسيد الفضة أو أكسيد المغنيسيوم أو أكسيد الزنك أو أكسيد النحاس، تظهر الفطريات تشوهات في خيوطها الفطرية، مما يؤدي إلى مظهر مشوه وذابل  
تغير الجسيمات النانوية الطريقة التي تنمو بها الألياف، مما يتسبب في تكتلها معًا أو تصبح أقل كثافة. على الرغم من أن هذا يوضح أن ظروفًا معينة يمكن أن تؤثر على بقاء وإنبات الجراثيم، إلا أن الجراثيم بشكل عام تتعرض لتغير في الشكل عند تعرضها للجسيمات النانوية، فتتلف وتذبل، وغالبًا ما تكون مغطاة بالجسيمات النانوية. عادةً ما يؤدي العلاج بالجسيمات النانوية إلى خفض معدل الإنبات، ويمكن أن يوقف التكاثر اللاجنسي تمامًا.
توجد نظريات عديدة بشأن تأثير الجسيمات النانوية على الأبواغ وأهمية الصياغة. الهيدروفوبين عبارة عن بروتينات صغيرة تفرزها الفطريات وتعطي الأبواغ شحنة سطحية سلبية. يمكن لهذه البروتينات تكوين طبقات ذات خصائص كارهة للماء ومحبة للماء من خلال التجميع الذاتي, ومع ذلك، وعلى الرغم من هذا، فإن الجسيمات النانوية البوليمرية ذات الشحنة السالبة ذات الأحجام المتشابهة كانت مرتبطة بشكل أكثر فعالية من تلك ذات الشحنة الموجبة. بالإضافة إلى ذلك، فإن إضافة ارتباط أو امتصاص أكبر لم يتم تعزيزه من خلال وجود شحنة موجبة. لوحظ هذا الاتجاه حتى في المخزن المؤقت بدون أيونات موجودة، مما يلغي تأثيرها المحتمل.
يعد الحصول على الحجم المناسب أمرًا مهمًا عندما يتعلق الأمر بتغليف الجراثيم بجسيمات نانوية أصغر حجمًا. تتمتع الجسيمات النانوية الأصغر حجمًا بقدرات ربط محسنة بسبب العدد الأكبر من نقاط السطح، مما يسمح لهابالالتصاق بشكل أكثر فعالية على الأسطح البوغية .